La Junta de Govern del Fons Menorquí està formada per representants dels ajuntaments de l'illa, del Consell Insular i dels Govern Balear, així com de nou ONGD. La darrera renovació es va realitzar el 3 d'agost de 2021.

La presidència s'elegeix de manera rotatòria entre els ajuntaments cada dos anys. I cap representant de la Junta de Govern de l'entitat perceb remuneració econòmica per ostentar el càrrec.

Les tasques de representació i gestió derivades dels acords de la Junta de Govern són executades pel Comité Executiu.

Les persones membres de l'actual Junta de Govern són : 

  • Presidència: Martín Riera Riera. Regidor de l'Ajuntament des Mercadal
  • Secretaria: Francisco Mercadal Pons, representant de Fundació Vicent Ferrer
  • Vicepresidència primera: Susana Mora Humbert, presidenta del Consell Insular de Menorca (PSOE)
  • Vicepresidència segona: Laura Celià Gelabert, Directora General de Cooperació del Govern (Més)
  • Vocalies: 
    • Antonia Camps Florit, batlessa des Migjorn Gran
    • Antoni Jesús Carrillo Cantó, regidor de l'Ajuntament de Maó
    • Maria Antonia Pons Mascaró, regidora de l'Ajuntament d'Alaior
    • Maite Martínez Martínez, regidora de l'Ajuntament de Sant Lluís
    • Marisa Álvarez Guasch, regidora de l'Ajuntament des Castell
    • Antoni Salord Febrer, regidor de l'Ajuntament de Ferreries
    • Carla Gener Marquès, regidora de l'Ajuntament de Ciutadella
    • Magdalena Cardona Cardona, representant de l'Associació d'Amics del Poble Sahrauí de Menorca
    • Antònia Florit Salord, representant de l'associació Entrepobles
    • Jaume Fabregat Mestre, representant de l'associació STEI Intersindical
    • Leonor Hernández Pons, representant de l'associació Apotecaris Solidaris
    • Raquel Hernández Sosa, representant de Càritas
    • Catalina Seguí de Vidal, representant de Mans Unides
    • Bartomeu Pons Huguet, representant de Creu Roja

Les persones que composen el Comitè Execitiu són: 

  • Presidència: Martín Riera Riera. Ajuntament des Mercadal
  • Secretaria: Francisco Mercadal Pons, representant de la Fundació Vicent Ferrer
  • Vicepresidència primera: Susana Mora Humbert, presidenta del Consell Insular de Menorca (PSOE)
  • Vocalies: Francisco Mercadal Pons, batle des Mercadal, i Bartomeu Pons Huguet, representant de Creu Roja.

Organigama 

organigrama