La Junta de Govern del Fons Menorquí està formada per representants dels ajuntaments de l'illa, del Consell Insular i dels Govern Balear, així com de nou ONGD. La darrera renovació es va realitzar el 30 de juliol de 2019.

La presidència s'elegeix de manera rotatòria entre els ajuntaments cada dos anys. I cap representant de la Junta de Govern de l'entitat perceb remuneració econòmica per ostentar el càrrec.

Les tasques de representació i gestió derivades dels acords de la Junta de Govern són executades pel Comité Executiu.

Les persones membres de l'actual Junta de Govern són : 

Les persones que composen el Comitè Execitiu són: 

Organigama 

organigrama