La cooperación directa del Fons Menorquí és aquella que es desenvolupa per iniciativa pròpia de l'entitat i permet establir una relació institucional directa amb les entitats del Sud. 

En aquesta modalitat prioritza l’intercanvi de coneixements i l’aprenentatge mutu amb altres regions del món. Es realitza en el marc de les polítiques públiques que es desenvolupen a l’àmbit local i pot inlcoure la transferència de recursos econòmics, coneixements i/o assessorament.

Tradicionalment, el Fons Menorquí ha establert vincles de cooperació directa amb Amèrica Central i, en els darrers anys, també amb la regió Mediterrània. 

Els projectes d’aquesta modalitat aprovats al 2020 són els següents: